MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Aliivibrio salmonicida LFI1238 plasmid pVSAL43

Total Repeats: 76

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011316	AAT	2	6	284	289	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	215538593
2	NC_011316	CAAAT	2	10	301	310	60 %	20 %	0 %	20 %	215538593
3	NC_011316	TAAAT	2	10	331	340	60 %	40 %	0 %	0 %	215538593
4	NC_011316	GA	3	6	463	468	50 %	0 %	50 %	0 %	215538593
5	NC_011316	TA	3	6	471	476	50 %	50 %	0 %	0 %	215538593
6	NC_011316	GCG	2	6	479	484	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	215538593
7	NC_011316	ATC	2	6	486	491	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	215538593
8	NC_011316	TAA	2	6	504	509	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	215538593
9	NC_011316	ATA	2	6	519	524	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	215538593
10	NC_011316	GAA	2	6	527	532	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	215538593
11	NC_011316	A	6	6	552	557	100 %	0 %	0 %	0 %	215538593
12	NC_011316	A	6	6	565	570	100 %	0 %	0 %	0 %	215538593
13	NC_011316	TGA	2	6	604	609	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	215538593
14	NC_011316	AT	3	6	619	624	50 %	50 %	0 %	0 %	215538593
15	NC_011316	TAC	2	6	646	651	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	215538593
16	NC_011316	AT	3	6	666	671	50 %	50 %	0 %	0 %	215538593
17	NC_011316	CATTC	2	10	689	698	20 %	40 %	0 %	40 %	215538593
18	NC_011316	TTA	2	6	710	715	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	215538593
19	NC_011316	ATT	2	6	743	748	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	215538593
20	NC_011316	TGA	2	6	838	843	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	215538593
21	NC_011316	TAAA	2	8	846	853	75 %	25 %	0 %	0 %	215538593
22	NC_011316	AGT	2	6	854	859	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	215538593
23	NC_011316	AAT	2	6	1040	1045	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	215538594
24	NC_011316	TA	3	6	1070	1075	50 %	50 %	0 %	0 %	215538594
25	NC_011316	GAGAA	2	10	1123	1132	60 %	0 %	40 %	0 %	215538594
26	NC_011316	ATAA	2	8	1275	1282	75 %	25 %	0 %	0 %	215538594
27	NC_011316	TA	3	6	1296	1301	50 %	50 %	0 %	0 %	215538594
28	NC_011316	AGG	2	6	1305	1310	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	215538594
29	NC_011316	CAA	2	6	1351	1356	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	215538594
30	NC_011316	TAA	2	6	1438	1443	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	215538594
31	NC_011316	ACAG	2	8	1470	1477	50 %	0 %	25 %	25 %	215538594
32	NC_011316	A	6	6	1524	1529	100 %	0 %	0 %	0 %	215538594
33	NC_011316	ATAA	2	8	1532	1539	75 %	25 %	0 %	0 %	215538594
34	NC_011316	AT	3	6	1549	1554	50 %	50 %	0 %	0 %	215538594
35	NC_011316	GAAG	2	8	1645	1652	50 %	0 %	50 %	0 %	215538594
36	NC_011316	A	7	7	1656	1662	100 %	0 %	0 %	0 %	215538594
37	NC_011316	CCA	2	6	1693	1698	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	215538594
38	NC_011316	AGTA	2	8	1699	1706	50 %	25 %	25 %	0 %	215538594
39	NC_011316	ATA	2	6	1752	1757	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	215538594
40	NC_011316	TA	3	6	1799	1804	50 %	50 %	0 %	0 %	215538594
41	NC_011316	ATT	2	6	1817	1822	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	215538594
42	NC_011316	T	6	6	1821	1826	0 %	100 %	0 %	0 %	215538594
43	NC_011316	A	6	6	1845	1850	100 %	0 %	0 %	0 %	215538594
44	NC_011316	TTA	2	6	1855	1860	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	215538594
45	NC_011316	AAG	2	6	1863	1868	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	215538594
46	NC_011316	CCT	2	6	1884	1889	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	215538594
47	NC_011316	A	6	6	1892	1897	100 %	0 %	0 %	0 %	215538594
48	NC_011316	AT	3	6	1969	1974	50 %	50 %	0 %	0 %	215538594
49	NC_011316	ATT	2	6	1979	1984	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	215538594
50	NC_011316	T	6	6	1983	1988	0 %	100 %	0 %	0 %	215538594
51	NC_011316	TTG	2	6	2331	2336	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	215538595
52	NC_011316	AT	3	6	2361	2366	50 %	50 %	0 %	0 %	215538595
53	NC_011316	CAA	2	6	2437	2442	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	215538595
54	NC_011316	TAAA	2	8	2531	2538	75 %	25 %	0 %	0 %	215538595
55	NC_011316	TGC	2	6	2550	2555	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	215538595
56	NC_011316	CTG	2	6	2563	2568	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	215538595
57	NC_011316	TTG	2	6	2739	2744	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	215538595
58	NC_011316	TTA	2	6	2778	2783	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	215538595
59	NC_011316	GAA	2	6	2803	2808	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	215538595
60	NC_011316	TAA	2	6	2823	2828	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	215538595
61	NC_011316	TCG	2	6	2865	2870	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	215538595
62	NC_011316	AAT	2	6	2899	2904	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	215538595
63	NC_011316	CGA	2	6	2912	2917	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	215538595
64	NC_011316	ATT	2	6	3005	3010	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	215538595
65	NC_011316	AAC	2	6	3027	3032	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	215538595
66	NC_011316	AGA	2	6	3054	3059	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	215538595
67	NC_011316	GAT	2	6	3060	3065	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	215538595
68	NC_011316	TAG	2	6	3074	3079	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	215538595
69	NC_011316	GAT	2	6	3105	3110	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	215538595
70	NC_011316	TAC	2	6	3115	3120	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	215538595
71	NC_011316	T	6	6	3123	3128	0 %	100 %	0 %	0 %	215538595
72	NC_011316	CGT	3	9	3136	3144	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	215538595
73	NC_011316	GTC	2	6	3275	3280	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	215538595
74	NC_011316	TCAG	2	8	3342	3349	25 %	25 %	25 %	25 %	215538595
75	NC_011316	GCA	2	6	3358	3363	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	215538595
76	NC_011316	TAA	2	6	3364	3369	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	215538595

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.